Ερευνητές από όλο τον κόσμο, συμπεριλαμβανομένων και επιστημόνων από το European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) (Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής του Ευρωπαϊκού Εργαστηρίου Μοριακής Βιολογίας) και του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης συνεργάζονται στο πρόγραμμα CRyPTIC (Comprehensive Resistance Prediction for Tuberculosis: an International Consortium) για να δημιουργήσουν τη μεγαλύτερη πηγή δεδομένων στον κόσμο για την ανθεκτικότητα του μυκοβακτηρίου της φυματίωσης στα φάρμακα.
Το CRyPTIC στοχεύει να ανακαλύψει τις γενετικές αιτίες της ανθεκτικότητας του βακτηρίου στις θεραπείες, αλλά και τον ακριβή αντίκτυπο κάθε μεταλλαγής του γονιδιώματός του, έτσι ώστε να επιτρέψει την ανάπτυξη διαγνωστικών «εργαλείων» με βάση το DNA. Χρησιμοποιώντας τεχνολογίες αιχμής που βασίζονται στη γονιδιωματική αλληλούχιση οι ερευνητές εντόπισαν σχεδόν όλες τις γονιδιωματικές παραλλαγές που προσδίδουν ανθεκτικότητα σε 13 από τις πιο κοινές θεραπείες για τη φυματίωση. Χρησιμοποιώντας μια νέα πειραματική ανάλυση, η ερευνητική ομάδα υπολόγισε με ημιποσοτική μέθοδο το επίπεδο ανθεκτικότητας στα φάρμακα και σάρωσε το γονιδίωμα 15.211 δειγμάτων στελεχών Mycobacterium tuberculosis από 27 χώρες σε 5 ηπείρους. Οι ερευνητές κατάφεραν να ποσοτικοποιήσουν το πώς οι αλλαγές στον γενετικό κώδικα του μυκοβακτηρίου M. tuberculosis μειώνουν την ικανότητα διαφορετικών φαρμάκων να σκοτώνουν τα στελέχη του. Ο τελικός στόχος είναι να εφαρμοστεί η παραπάνω γνώση σε DNA διαγνωστικά εργαλεία για να προβλέπεται η ανθεκτικότητα κάθε ασθενούς στα διαφορετικά στελέχη της φυματίωσης και να ανοίγει ο δρόμος για την εξατομικευμένη θεραπεία. Ο έλεγχος για μεταλλαγές στο γονιδίωμα του M. tuberculosis για να προσδιοριστεί ποιες φαρμακευτικές ουσίες θα δώσουν σε έναν ασθενή τις καλύτερες πιθανότητες ίασης είναι ο πιο ρεαλιστικός τρόπος για τη δοκιμή ανθεκτικότητας στα φάρμακα σε κάθε ασθενή που το χρειάζεται.
«Η φυματίωση προκαλεί σήμερα περισσότερους από ένα 1 εκατομμύριο θανάτους ετησίως σε όλο τον κόσμο και η κατάλληλη θεραπεία εξαρτάται από τον προσδιορισμό του φαρμάκου που θα λειτουργήσει για τη συγκεκριμένη λοίμωξη κάθε ασθενούς. Ο προσδιορισμός της γενετικής βάσης της ανθεκτικότητας βακτηριακών στελεχών στα φάρμακα εναντίον της φυματίωσης επιτρέπει τον ταχύ εντοπισμό του επιπέδου ανθεκτικότητάς τους στις εκάστοτε φαρμακευτικές ουσίες και την επιλογή της πιο κατάλληλης θεραπείας. Στην πορεία, αυτό θα δημιουργήσει έναν τεράστιο κατάλογο-πηγή δεδομένων για τους επιστήμονες που αναμένεται να φανεί πολύ χρήσιμος στα επόμενα χρόνια» δηλώνει ο Zamin Iqbal, Group Leader στο EMBL-EBI. Το έργο CRyPTIC χρηματοδοτείται από το MRC Newton Fund, Wellcome και από το Ίδρυμα Bill and Melinda Gates.
Picture Credits: Karen Arnott/EMBL.
Πηγή: EMBL-EBI News
